mercredi 30 avril 2008

L'"ADN poubelle" aux oubliettes ! L'ARN règne ?

L'ARN prend le pouvoir ?

Fig 1 : le classique schéma ADn ARN Protéine ( cliquer pour agrandir)

On sait depuis un bon moment que le trop classique schéma ADN-ARN-protéine est en gros correct, mais incomplet (Cf Bio-review) (cf aussi Les 7 complications du dogme S&V intranet.jpg)

Science a publié récemment un dossier Gene Regulation qui met bien en évidence le rôle de plus en plus central de l'ARN,


Fig 2 L'ARN participe aux régulations de l'expression

Il y une vidéo par John Mattick, et al. discutant du rôle de l'ARN comme molécule centrale de la vie. On connaît évidemment leur rôle d'ARNmessager. Mais comment les ~25'000 gènes humains peuvent coder toutes les protéines (plus d 'un million ! selon M.-C. Blatter de Swissprot) est une belle question d'élève intelligent. Et bien difficile à répondre !

L'ARN est sans doute une partie de la réponse !
On ne parle plus seulement de gènes pour l'ADN codant une protéine, mais aussi de gènes à ARN RNA Gene : certains ont une activité catalytique, de nombreux ARN sont impliqués dans les réseaux de régulation.
Ils discutent comment elle pourrait bien avoir été la molécule originale de la vie, par ses capacités catalytiques et autoréplicatives. L'ADN aurait été mis a profit à cause de sa plus grande stabilité.
Ils voient un rôle fortement accru pour l'ARN dans le futur.

Le rôle des ARN de toutes sortes ( MiRNA, SiRNA, Riboswitch etc) dans toutes sortes de mécanismes et de dysfonctionnements ou maladies est discuté dans MicroRNAs Make Big Impression in Disease After Diseas par Jennifer Couzin

L'"ADN poubelle" aux oubliettes ! 93% exprimé !
Dans cet article de ce même numéro, Amaral et al. (2008) révèlent combien l'expression de Junk DNA n'a plus guère de sens !

Le projet ENCODE a montré que 93% des nucléotides du génome humain analysé sont transcrits dans différentes cellules, alors que ~1.2 % code pour des protéines. Cela signifie pour Amaral qu'il pourrait bien y avoir un large réservoir d'ARN biologiquement significatifs.

Ce que font tous ces ncRNA (non-codingRNA) est encore l'affaire de débats, mais le fait qu'ils soient très conservés (On les retrouve très peu changés chez de très nombreux organismes) suggère des rôles importants et maintenus par sélection au cours de l'évolution. Plusieurs exemples sont présentés.

Ce qui nous distingue du chimpanzé : surtout de l'ARN ?
Un des plus frappants exemples est sans doute l'ARN HAR1 (Human-Accelerated-Region) : Dans la quête des différences entre l'homme et son plus proche cousin, le chimpanzé on a cherché les gènes qui nous différencieraient, on n'en a trouvé que très peu, et récemment on a exploré les zones de l'ensemble du génome qui ont changé particulièrement vite entre le chimpanzé et nous. Ils ont trouvé une séquence (HAR1) qui s'exprime spécifiquement en ARN lors du développement embryonnaire du néocortex entre la 7ème et la 19ème semaine. (Pollard et al., 2006) (Intranet.pdf) Ils emploient ici aussi l'expression de Gène ARN.

Parmi ces roles de l'ARN , relevons :
-Régulation de l'expression par des modifications des histones, de la structure de l'ADN et d'autres effets épigénétiques
-Régulation par l'interférence ARN mis en évidence par le prix Nobel 07(Cf Bio-review de janvier08)
-Splicing alternatif.

Fig 3 :
Quelque uns des mécanismes par lesquels les ARN régulent l'expression Tiré de Amaral et al. [Image]


Que sont ces Riboswitches ?
Ronald R. Breaker les décrit un peu comme des protéines telles que le fameux répresseur dans l'opérnon Lac ( simulation éducative Lac-dule ici) des ARN spéciaux Riboswitch sont capables de contrôler l'expression de l'ADN. Il pourraient bien être les premiers éléments régulateurs de l'expression, ils sont souvent aussi efficaces que les protéines : si un métabolite se lie à leur site (aptamer)de liaison ils sont susceptibles de changements de conformation qui les font se lier à l'ADN et modifier l'expression ou l'épissage (splicing).
On en découvre de plus en plus mais surtout chez les bactéries
Fig 4: Deux exemples de riboswitch TPP menant à un splicing différent : en haut le gène NMT1 chez N. crassa, en bas le gène THIC chez Arabidopsis thaliana.

L'ADN reste fondamental !
Ainsi l'ADN , tout en restant fondamental ne serait plus si central dans le fonctionnement ; pour risquer une image osée - l'ADN serait le Disque dur, et l'ARN la mémoire vive et le processeur ?

Sources :

mercredi 23 avril 2008

Brèves-04-08

Une nouvelle rubrique :
Plutôt qu'un sujet développé un peu plus à fond, une nouvelle rubrique occasionelle "Brèves" commence avec celle-ci : une très bref résumé de recherches avec le lien vers la revue.

Le génome de Watson séquencé en 4 mois !!!
le génome complet ( Diploïde donc 6 Gigabases ) d'un individu a été séquencé en moins de 4 mois avec des nouvelles machines (454) qui séquencent beaucoup plus vite, mais à partir de fragments très courts ( 250 bases). Elle n'utilisent pas de clones bactériens et évitent donc certains risques de mélange. par contre les séquence répétées sont plus difficiles à positionner avec cette méthode.
Wadman,Meredith (2008) James Watson's genome sequenced at high speed Nature News 16 April 2008 | doi:10.1038/452788b New-generation technology takes just four months and costs a fraction of old method.


Des spermatozoïdes ou des ovules a partir de peau : on est de plus en plus proche de produire des gamètes a partir de cellules somatiques
Sperm From Skin Becoming a Reality? By Constance Holden ScienceNOW Daily News 15 April 2008


L'analyse d'échantillons d'urine montre l'étonnante diversité des métabolismes selon les populations : les métabolismes des individus de différentes populations ont été analysés a partir d'échantillons d'urine qui avaient été récoltés à travers le monde : on espère croiser ces résultats avec des infos génétiques et sur la flore intestinale pour comprendre mieux comment le métabolisme fonctionne et s'adapte au régime alimentaire
Published online 18 April 2008 | Nature | doi:10.1038/news.2008.767 News Gut reactions Analytical technique shows how metabolism varies between populations. Emma Marris


les traders réussissent mieux quand ils ont plus de testostérone (News@Nature)


le mécanisme d'action de l'amiante un peu plus élucidé : il déclenche une protéine (interleukin-1bêta) qui stimule une réaction immunitaire inflammatoire excessive avec les inflammasomes et finalement le cancer. un médicament qui bloque interleukin-1bêta,(l'Anakinra) pourrait être utilisé pour prévenir les effets de l'amiante ?


Lee Berk (... ça ne s'invente pas!) à la Loma Linda University in California montre que le rire fait baisser les hormones du stress ( on savait ça) mais que le fait de savoir qu'on va rire fait baisser ces hormones ...
drôle , non ? et hop un peu moins de cortisone et de stress ! (news@Nature)


Une étude (news@Nature) montre que les souris finissent par préférer des aliments qui ont des vraies calories plutôt que ceux édulcorés artificiellement en bloquant les récepteurs au sucré (le récepteur TRPM5 ) chez des souris :
Les choix ultérieurs des souris seraient influencées par le contenu calorique et non pas seulement par le goût sucré des aliments. On évoque une stimulation des centres du plaisir ( notamment la libération de dopamine) par le glucose sanguin et une forme de conditionnement (ceux et celles qui tentent de maigrir connaissent sans doute le problème...)


Neurodule :
une version pour MacOSX est enfin disponible ...
en plus de celle qui tourne directement dans une page web.


Le Botox migre dans le cerveau !
Il semblerait que le Botox (qui agit en dégradant la SNAP-25 pour paralyser les muscles) ou en tous cas un produit de sa dégradation qui révèle sa présence, migre le long des neurones et remonterait même jusqu'au cerveau (news@Nature)

lundi 14 avril 2008

Bio-reviews : un chaînon manquant de moins ...

Les cétacés descendent d'un herbivore terrestre

Comment les cétacés pourraient être apparus à partir de mammifères terrestres retournés à l'eau n'est pas très facile à comprendre pour nos élèves. Et les fossiles de cette transition sont rares, ce qui n'est pas étonnant puisque les transitions sont ... transitoires et laissent souvent peu de fossiles.

Un ancien (2000) arbre phylogénique comparant les données morphologiques et moléculaires Source Luo, Zhexi. (2000), Nature


Une phyolgénie des cétacés. Source : GEFMA

Un chaînon retrouvé

Par chance les chercheurs retrouvent tout de même régulièrement de ces "chaînons manquants". C'est le cas récemment quand Hans Thewissen, et al. de la Northeastern Ohio Universities College of Medicine à Rootstown ont fini d'analyser un fossile d'Artiodactyle trouvé 15 ans plus tôt au Cachemire, en Inde.


Une représentation de ce que Indohyus aurait pu être il y a 48 millions d'années. Il aurait à peu près la taille d'un raton laveur ou d'un chat (Source Sanderson (2008),Nature


Sanderson Katharine (2008) dans une news de nature (intranet.pdf) explique qu'il devait se déplacer dans l'eau comme un mini hippopotame, mais en beaucoup plus fin... Tout ça ne ressemble guère à une baleine, mais Indohyus a des caractéristiques qui en font un ancêtre des cétacés : des os très lourds -qui aident à marcher sur le fond de l'eau- et une structure de l'oreille moyenne (involucrum) très épaisse.

Un petite oreille découverte par accident !
C'est d'ailleurs un accident qui à mis la puce à l'oreille de Thevissen : un chercheur a cassé l'oreille du fossile et sous cet éclat ils ont découvert une oreille typique de cétacé.

Oreille interne de mammifères de G à Dr : un mammifère terrestre (un Galago), Ichthyolestes un cétacé terrestre de -50MA, un cétacé marin Indocetus), et un dauphin actuel(source : (Spoor,2002) )

Les cétacés ont de très petits canaux semi-circulaires qu'on pense limiter les vertiges lorsqu'ils tourbillonnent dans l'eau.

Lisa Noelle Cooper montre l'épaisseur comparée d'un os d'Indohyus : 2 images du haut comparé à un mammifère terrestre en bas .

De nombreux fossiles jalonnent cette transition vers l'eau
Depuis quelques années plusieurs formes de transition ont été découvertes. Dans la Vidéo (en anglais) Thewissen mentionne -en remontant dans le passé (images extraites de la vidéo sur Nature)

Kutchicetus, -45 MA ,

Ambulocetus (-49MA) qu'il compare à un crocodile,


puis découvert récemment Pakicetus, (-53MA) dont les os lourds montraient la parenté avec les cétacés, mais qui ressemblerait plutôt à un sorte de loup actuel.
Et maintenant Indohyus complète bien le tableau

Pour aller plus loin :

Le squelette retrouvé



Le squelette de Indohyus et un dessin du squelette. Les parties hachurées sont dessinés à partir d'organismes similaires. Source Thewissen, J. G. M. , et al (2007) img

Les dents du fossile !

Thewissen et al. ont examiné les dents de Indohyus, pour trouver ce qu'il mange, et apporter leur contribution au débat pour savoir si les cétacés sont devenus carnivores d'abord ou aquatiques d'abord.

En examinant les taux d'isotopes de Carbone 13 et la dentition Thewissen et al. estiment que Indohyus ne mangeait pas la végétation aquatique, aussi ils imaginent que pour fuir les prédateurs Indohyus se réfugiait dans l'eau, et qu'une alimentation aquatique est apparue plus tard.

D'autres Palaeontologues (Jonathan Geisler), avaient identifié un lien entre ce groupe (les raoellidés) sur la base de fragments de dents. Ce lien est ainsi renforcé.

C'est donc l'hypothèse que les ancêtres des cétacés étaient semi-aquatiques avant d'avoir une dentition adaptée à l'alimentation à base de poissons qui est renforcée.

Et un bel exemple pour discuter de l'évolution.

References

vendredi 11 avril 2008

Imagerie - surpoids - addiction : conférences UNIGE

L'UniGE propose un cycle de conférences publiques dédié à la fondation Louis-Jeantet, avec des sujet alléchants :
Le coeur dans tous ses états
L'imagerie médicale à la découverte du coeur : anatomie, fonction et métabolisme

Mercredi 16 avril 2008, 18h30Auditoire A250 - CMU - GENEVE
Pr Osman Ratib et Pr François MACH de la Faculté de médecine de l'Université de Genève
Entrée libre Conférences suivies d'un apéritif

Tous les détails sont ici et le dépliant est ici en intranet
Maigrir sans stress Prendre soin de soi pour maigrir durablement
Pr Alain Golay
Mercredi 07 mai 2008, 18h30
Addiction : le côté obscur de l'apprentissage Mécanique et clinique d'une maladie du cerveau
Pr Christian Lüscher et Dr Daniele Zullino
Jeudi 18 septembre 2008, 18h30
Le message du service de presse :
Le 16 avril prochain, la Faculté de médecine de l'Université de Genève (UNIGE) inaugure son premier cycle de conférences publiques : les images du cœur, les problèmes de poids et le cerveau apprenant sont à l'honneur de ce programme, dédié à la Fondation Louis-Jeantet, qui atteint cette année ses 25 ans d'actif soutien à la recherche médicale.

En 30 ans, la radiologie a évolué au rythme des révolutions technologiques. Elle permet aujourd'hui une visualisation du corps sans précédent : colorée, nuancée, tridimensionnelle, elle peut même intervenir, grâce à l'informatique et à l'imagerie biomédicale, sur le corps en mouvement. Les prof. Osman Ratib et François Mach invitent le public à explorer les paysages du système cardio-vasculaire.

La seconde conférence abordera le problème du surpoids sous un nouvel angle : comme une expression d'un malaise. Le prof. Alain Golay envisage en effet le régime comme une remise en question constructive, profonde et personnelle. Une diète devrait ainsi déboucher sur une réappropriation de son corps par le patient, ainsi que sa façon d'envisager la vie. La perspective du mens sana in corpore sano s'inverse : c'est le corps en santé qui exprime alors un bien-être mental.

Pour la troisième de ces présentations, le prof. Christiant Lüscher et le dr Daniele Zullino postulent un lien surprenant entre les phénomènes de dépendance pathologique (addictions) et les mécanismes de l'apprentissage. Notre cerveau attendrait en effet une récompense de tout effort entrepris pour apprendre quelque chose. Chez les personnes souffrant d'addictions, cette quête du plaisir a tout supplanté.

Programmées le 16 avril, le 7 mai et le 18 septembre à 18h30, ces trois occasions de comprendre les dernières avancées médicales auront lieu dans l'auditoire 250 du Centre médical universitaire de l'UNIGE.

Vous trouverez une information plus détaillée à leur sujet dans le document ici en intranet.Tous les détails sont ici et le dépliant est

Pour tout autre renseignement, n'hésitez pas à contacter Marie de Coulon au 022 379 41 58 ou en écrivant à Marie.DeCoulon@medecine.unige.ch

dimanche 6 avril 2008

Les bactéries feraient la pluie pour se disséminer mieux ?

Les bactéries font la pluie et les beaux nuages ?
Dans une news@Nature récente Quirin Schiermeier, (2008) décrit une étude de Christner, B. et al, (2008) sur la présence de bactéries dans les gouttes de pluie.
Pour que les gouttes ou les cristaux qui forment les nuages apparaissent il ne suffit pas que l'humidité de l'air atteigne la température de condensation... Au-dessus de -40°C, il faut des noyaux de condensation autour desquels les gouttes ou les cristaux se forment. Les poussières sont des noyaux de condensation efficaces, on le voit avec les traînées que les avions laissent dans le ciel : les poussières issues des réacteurs facilitent la formation des cristaux qui constituent ces nuages.

Fig. 1 : Les traînées d'avion sont des nuages de cristaux de glace.

Des champignons, algues microscopiques et notamment des bactéries sont connues pour être de très bons noyaux de condensation (NC) catalysant la condensation à des températures plus élevées que les poussières minérales.
Des bactéries voyageuses...La présence de ces NC biologiques dans la neige a été relevée par Christner, B. et al. à différents endroits de la planète (Dans le Montana, en France, au Yukon, et en Antarctique). Ils ont trouvé entre 4 et 120 NC par litre de neige fondue dont 69-100% étaient probablement biologiques. Les échantillons récoltés en France et au Montana en contenaient plus que ceux de l'Antarctique.
La présence de ces bactéries "faiseuses de pluie" presque partout suggère que ces bactéries peuvent voyager sur de grandes distances avec les nuages et que des précipitations biologiquement induites joueraient un rôle non négligeable au niveau mondial.
D'ailleurs une équipe conduite le prof. William Broughton de l'Université de Genève (UNIGE) a identifié la provenance géographique du sable que le vent dépose régulièrement sur les balcons de la région lémanique, soit le désert Tchadien. L'analyse génétique des micro-organismes qui s'y trouvaient encore a permis d'identifier des champignons et des bactéries d'une longévité et d'une résistance exceptionnelles. (Anna A. Gorbushina, et al. 2007). Si ces travaux ne s'intéressent pas directement au climat et mettent plutôt l'accent sur l'impact des micro-organismes voyageurs sur l'équilibre microbien de leur pays d'arrivée, ils montrent bien combien leurs déplacements ne peuvent pas être ignorés.

Fig. 2: La pluie ramène au sol les bactéries de l'atmosphère. Or les bactéries facilitent la formation des gouttes de pluie..(source Quirin Schiermeier, (2008).)

Les bactéries manipulent -elles aussi - le climat ?

Il est envisageable que ces bactéries exploitent leur capacité de nucléation pour sortir des nuages, déclare Christner, car ces particules biologiques jouent un rôle important dans la production de pluie et neige, spécialement dans les nuages à des températures relativement douces.

Or la plupart de ces bactéries qui "font la pluie" sont des pathogènes et en favorisant la formation de cristaux dans les végétaux, elles cassent les parois des cellules dont elles se nourrissent.
Je pense que ce sont aussi ces bactéries qui sont employées pour ensemencer l'eau des canons à neige et favoriser la formation,là aussi, de cristaux de neige à des températures proches de zéro.
Certains notent que cette même caractéristique favorise leur retour sur terre depuis les nuages avec les pluies, ce qui est à l'avantage de la bactérie.

L'hypothèse Gaia
L'idée que les bactéries ont un avantage si elles peuvent voyager avec les nuages et retomber sur terre plus loin, développée par Hamilton, W. D. & Lenton, T. M. (1998) fait partie de l'hypothèse Gaia (Lovelock, J. 2003 Intranet.pdf selon laquelle les organismes vivants et non-vivants forment un vaste système dans lequel les êtres vivants ont un effet régulateur qui favorise la vie sur l'ensemble de la planète.
L'idée d'êtres vivants manipulant le milieu physique à leur avantage a souvent été avancée, par exemple pour les Aulnes ("Vernes") des couloirs d'avalanche qui non seulement supportent les avalanches, mais les favoriseraient peut-être, éliminant ainsi la concurrence des conifères comme le mélèze. (Si quelqu'un a des infos sur cette hypothèse, merci de le dire)

En outre pour Schiermeier les humains ont une influence considérable sur ces processus de régulation et des changements comme la déforestation, la monoculture modifient la composition des microbes de l'atmosphère et pourraient avoir une influence sérieuse sur les précipitations et le climat. (Exemple Schiermeier, (2007))
Il est temps que les climatologues, commencent à prendre en compte les implications de ces interactions entre bactéries et atmosphère dans leurs modèles dit Christner.

References