jeudi 22 mai 2008

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jeudi 15 mai 2008

La tomate modifiée : 1000x plus grosse que nature

Comment la tomate est-elle devenue si grosse ?

La tomate Solanum lycopersicum est devenue indispensable dans notre cuisine. Originaire d'Amérique, elle n'a pas toujours été ce fruit gros comme le poing !

On a récemment identifié comment la tomate a pu devenir, au cours de sa domestication, 1000x plus grosse que son ancêtre naturel. Une modification de l'expression d'un gène qui contrôle le nombre de carpelles de la fleur (et donc du fruit), ainsi qu'une modification - déjà connue -d'un gène qui booste la division cellulaire ont été favorisées par les agriculteurs depuis longtemps. Un autre gène dont l'expression contrôle la forme allongée de la tomate est aussi connu depuis peu.

Les tomates agricoles doivent leur taille à 2 modifications génétiques. On savait depuis un certain temps que nos ancêtres avaient sélectionné une mutation d'un régulateur de la division cellulaire fw2.2, qui produit des tissus plus épais et augmente la taille du fruit mais pas le nombre de loges ( fig 1 : de a à b)
Fig 1 : Il s'est produit 2 modifications génétiques depuis la tomate sauvage. Pour une image avec légende [img]

Dans Nature Genetics du 11 Mai Cong Bin, et al(2008) ont identifié un facteur de transcription YABBY-like transcription factor qui agit sur fasciated (chromosome 11) et surtout locule-number (chromosome 2) qui contrôlent le nombre de carpelles dans le formation de la fleur et donc du fruit. En multipliant ces loges, le fruit est augmenté en taille (de 2-4 loges ils ont modifié la tomate à plus de 8 en général dans les fruits actuels) Cf Fig 1 de b à c. Comme ces changements ne sont pas présents dans les tomates sauvages, ils pensent que nos ancêtres agriculteurs ont favorisés ces modifications génétiques produites par hasard et sélectionné les fruits pour leur effet combiné qui augmente de mille fois le volume de la tomate commerciale actuelle.
Une brève sur le sujet dans ScienceNow

Han Xiao, et al (2008) dans science du 14 mars ont aussi identifié récemment le gène qui détermine la forme plus ou moins allongée du fruit : le gène SUN qui n'est pas changé, mais une modification du contexte dans lequel il est (a cause d'un retrotransposon) produit beaucoup plus d'expression. Ainsi là aussi ce n'est pas tant le gène qui change, mais son degré d'expression


fig 4 : diversité des formes liées à IQD12 qui module l'expression de SUN Source : Han Xiao, et al (2008) Image complète [img]
E) Constitutive expression of IQD12 in the round-fruited LA1589 background results in extremely elongated fruit. Each fruit represents an independently transformed plant. Fruit from the nontransformed round-fruited NIL (LA1589pp) is shown for comparison. (F) RNAi-mediated reduced expression of IQD12 in the NIL carrying elongated fruit (LA1589ee) results in a notable reduction in fruit elongation. Each fruit represents an independently transformed plant.

Fig 5 : Quelques images de tomates Source : uniProt

En savoir plus sur la toma
te Solanum lycopersicum :
Originaire d'amérique centrale, elle a été rapportée en Europe par C. Colomb en 1492 sauf erreur.
  • Le positionnement systématique et des images sur uniProt
  • On y apprend entre autres qu'elle s'appelle aussi Lycopersicon esculentum
  • Le génome est disponible ici Mapviewer en vue chromosomes
  • Elle a besoin de pas mal de lumière de d'azote on peut le trouver dans la base de données des indices Landolt mise en ligne par Y.Dethurens cf Lycopersicum esculentum
  • On trouve les espèces du même genre comme la Morelle douce-amère Solanum dulcamara L. et sa répartition en Suisse dans swiss web flora

La dignité des plantes menacée ?

Nos lois sur la "dignité des plantes" étonnent le monde scientifique ... Peut-être que ces recherches ne pourraient pas avoir lieu chez nous ?
Les lois suisse de protection de la dignité des plantes qui exigent que l'expérimentation respecte la dignité des plantes aussi pour recevoir du financement a surpris la communauté scientifique mondiale et nous vaut d'être dans les News de la revue Nature Swiss 'dignity' law is threat to plant biology
Fig 6 : des conditions de vie respectant la dignité de la plante ? Source J. RICHARDSON/CORBIS Nature [img]

Nous vivons un monde aux priorités étonnantes...


Sources :

mercredi 7 mai 2008

L'évolution , les gènes le lait et les migrations

Genome-wide et worldwide ?

On peut de nos jours analyser les variations dans des populations humaines sur l'ensemble de leur génome : Genome-wide et pour de nombreuses populations worldwide. Il y a sans doute un effet de mode et des titres impressionnants avec "des millions de ...".

"Une nouvelle étude se penche sur les changements dans les gènes et les migrations des populations sur tout le globe. Pour la première fois, toutes les populations ont été soigneusement étudiées, et plus d'un demi million de points de divergence sont couverts. Les résultats viennent renforcer la thèse d'une migration à partir de l'Afrique."
(Source Questions-science.com (fr))

Une nouvelle technique , une nouvelle mode ?
Néanmoins chaque fois qu'une nouvelle technique rend possible de nouvelles expériences, on voit bien que notre manière de comprendre le domaine en ressort irréversiblement changée. Les énormes bases de données génomiques, notamment celles sur les différences inter-individuelles (DbSNP, HapMap, etc), la formidable accélération du séquençage, les outils de traitement informatique et statistique ont rendu possible un glissement d'une vision DU génome humain (comme si il était unique !) à la comparaison DES génomes de différents individus et finalement de populations.
La biologie change... avec les technologies ! La BIST permet ici aussi des approches plus exhaustives et les publications abondent ! D'un côté il faut savoir prendre de la distance, laisser l'excitation retomber pour distinguer l'important de l'anecdotique. D'un autre côté il ne faut pas laisser passer l'occasion de susciter l'enthousiasme chez nos élèves !
Voici une petite sélection commentée spécialement pour vous avec les liens pour approfondir.

Beyond Out of Africa
Dans un article de Science (Li et al. 2008) étudient la diversité humaine sur la base de 650'000 SNP séquencés chez 981 individus de 51 populations. Les données proviennent du Human Genome Diversity Panel (HGDP-CEPH) Librement accessibles à partir d'ici
Leurs résultats confirment bien une origine africaine de l'espèce humaine et une gradation des différences entre les population le long de leurs migrations : la figure 1 évoque bien cette différence graduelle par cette sorte d'arc-en-ciel.
Un français s'y trouve ainsi presque à mi-chemin entre un Bushman (San) et un Papou. (N'en déplaise à certains qui classent les gens par la couleur de leur peau !).
Il est amusant de noter aussi que cette analyse distingue lees Orcadian, Français, et Italiens du nord des populations de Bergame et de Toscagne ou des Basques.
Individual ancestry and population dendrogram. (A) Regional ancestry inferred with the frappe program at K = 7 (13) and plotted with the Distruct program (31). Each individual is represented by a vertical line partitioned into colored segments whose lengths correspond to his/her ancestry coefficients in up to seven inferred ancestral groups. Population labels were added only after each individual's ancestry had been estimated; they were used to order the samples in plotting. (B) Maximum likelihood tree of 51 populations. Branches are colored according to continents/regions. * indicates the root of the tree, also where the chimpanzee branch is located. [View Larger Version of this Image]

Presque en même temps deux articles publié dans Nature ( Editor's summary ici) apportent d'autre information sur la diversité de nos populations

Les africains plus riches et solides génétiquement ?
Kirk E. Lohmueller, et al.(2008) ont étudié le nombre de mutations défavorables sur 10'000 gènes dans des individus américains plus ou moins représentatifs de populations d'origine africaine et européenne et trouvé que la diversité génétique est plus grande chez ceux d'ascendance africaine (AA), et que les individus d'ascendance européenne (EA) ont plus de mutations défavorables dans leur génome que les AA. Cela s'expliquerait bien avec l'hypothèse d'une sortie d'Afrique par une population en petit nombre avec un effet d'étranglement qui limite la diversité. Les AA ont une diversité génétique plus élevée (EA :55.4%, AA : 47.0% ; ) Les SNP considérés comme défavorables probably damaging ( EA :15.9% ; AA : 12.1% ;).
Fig 2 : L'effet d'étranglement limite aléatoirement la diversité (source Understanding evolution @ Berkely)

Out of africa confirmé
Jakobsson et al. (2008) analysent 29 populations du Human Genome Diversity Project. Après avoir genotypé plus de 500,000 marqueurs (SNP (cf ici) et CNV Copy-Number Variants : des séquences dont le nombre varie) : leurs données confirment un déséquilibre de linkage à corréler à la distance géographique depuis l'Afrique. Le modèle multirégional perd encore du terrain.

582 gènes qui ont évolué récemment
Dans une news de Science, Gibbons, Ann. (2008) décrit les résultats de l'équipe de Lluis Quintana-Murci, qui ont analysé 2.8 millions de SNP sur 210 individus du International HapMap Project , ils se sont focalisés sur 15,259 mutations non synonymes, qui modifient donc la séquence d'acides aminés et donc la fonction du gène. Il ont recherché les mutations qui changent le plus comparées aux autres (donc probablement soumises à une sélection positive) et ont identifié 582 gènes dont 50 semblent être des adaptations à des maladies ou des changements d'alimentation. Il s'agit de la régulation de l'insuline, de la digestion des sucres et de l'amidon, du métabolisme de l'alcool, et le zinc, du transport des graisses, de la régulation du système immunitaire face aux agents pathogènes , et de la réparation et duplication de l'ADN.

Pour John Hawks de l'University of Wisconsin, Madison, qui a participé au projet, les mutations qui protègent du diabète et de l'obésité ont probablement été sélectionnées pour s'adapter à des régimes issus de l'agriculture: par exemple une meilleure digestion de l'amidon est critique quand l'alimentation dépend fortement de quelques céréales seulement.
Anne Gibbons parlait en décembre 2007 dans une autre news de Science (Human Evolution Is Speeding Up) d'autres chercheurs (Hawks et al. excellent site de l'auteur) qui ont analysé 270 individus du HapMap project . et ont noté une évolution beaucoup plus rapide depuis 40'000 ans et même 100fois plus rapide depuis 5000 ans. Ils ont repéré 1800 gènes ainsi accélérés ( env 7% de notre génome) qui semblent en rapport avec des changements de régime alimentaire, (digestion de l'amidon, des acides gras et du lactose), mais aussi en réponse à des maladies.

L'adaptation au lait... une évolution récente ?
Fig 3 : Dans les populations d'éleveurs la sélection pour garder l'activité de la lactase a du être très forte. Source Check, Erika (2006) Nature SVEN TORFINN/PANOS

On sait que le lactose est indigeste pour la plupart des adultes (les européens sont une exception notable), car le gène pour la lactase (qui coupe le lactose en galactose et glucose) n'est plus exprimé après le sevrage. Check nous dit que quand un adulte boit du lait, certaines bactéries intestinales s'en occupent et cela produit des désagréments (Ballonnements, diarrhées, nausées, coliques et douleurs abdominales), qui font que la plupart des adultes cessent d'en boire.
Dans deux articles récents l'évolution récente de la digestion du lactose a été mise en évidence : Check, Erika (2007) Ancient DNA solves milk mystery (intranet.pdf) Erika Check (2006) Human evolution How Africa learned to love the cow (Intranet.pdf)

La persistance de la lactase a été étudiée notamment par Tishkoff, S. A. et al. (2006): ils ont trouvé une mutation en amont du gène de la lactase qui le régulerait. Cette mutation se serait produite il y a 3000 à 7000 ans. On a ensuite trouvé une 2ème mutation différente - chez des personnes originaires de la région de la Tanzanie - qui a le même effet : un cas de convergence digne de figurer dans nos Campbell et autres Raven.
Il est mentionné dans la Recherche février 2007 (intranet.jpg)

L'idée que la vitesse de l'évolution n'est pas constante - la théorie des équilibres ponctués chère à Eldredge et S .J. Gould - s'en trouve renforcée...


Sources
update : lien sur un article de la Recherche
8 mars : corrigé des liens sur des images et supprimé des images